Східноукраїнський національний університет імені Володимира Даля має класичну структуру, що складається з науково-педагогічних підрозділів, які забезпечують підготовку фахівців у різних галузях знань.
Університет включає вісім основних факультетів, кожен з яких спеціалізується на певній освітній сфері. До їх складу входять викладачі, які мають великий науковий та практичний досвід:
Ректорат є колегіальним виконавчим органом, який здійснює поточне управління діяльністю університету. Він підзвітний Вченій раді та засновнику, і складається з ректора, проректорів, головного бухгалтера та інших керівників, що входять до його складу згідно з рішенням Вченої ради.
Вчена рада СНУ ім. В. Даля є найвищим колегіальним органом управління університету. Вона відповідає за визначення стратегічних напрямків розвитку, приймає ключові рішення щодо освітньої, наукової та організаційної діяльності. До складу ради входять ректор, проректори, декани, керівники структурних підрозділів та представники викладачів, студентів і співробітників.
Наглядова рада є незалежним органом, що здійснює нагляд за діяльністю університету, його фінансовою та господарською діяльністю, а також сприяє розвитку та ефективному управлінню. Вона формується з представників органів державної влади, роботодавців та громадськості, і допомагає забезпечувати прозорість та відповідність діяльності університету суспільним інтересам.